本中心屬於臺北市政府教育局，為本府二級機關，置主任、秘書，下設4組2室，組織架構圖如下：
- 中心本部(主任室) ：置主任、秘書 ：綜理中心管理、督導及考核事項。
- 教務組 ：負責研習課程體系建構、初任教師模組課程、年度研習規劃實施、課程計畫擬定執行及其他有關教務事項。依教師職涯發展辦理：領域專業教師教學增能、教學領導教師深化研習及行政領導人才知能培力等研習，如：課綱課程增能、初任教師研習、教學輔導進修、教師專業成長、領導人才培力、校長主任儲訓、行政主管增能等。研習類別概分為：課綱領域課程與教學、國教政策與議題、學校領導、學校行政、教育行政、科技資訊教育、特殊教育、學前教育、性別平等教育等。
- 輔導組 ：負責研習人員生活輔導業務，提供教師諮詢與諮商服務，規劃辦理教師成長團體工作坊、輔導列車系列講座及教師聯誼活動，及其他有關教育輔導等事項。
- 研究組 ：負責教育相關議題之研究、教育議題資料之蒐集，並從事教學媒體之研製與推廣，資料庫建立等有關教育研究事項，主要負責業務包含本市教師天地電子期刊、e教材教學資源、教育e報、國際交流、本中心網站建置、本市教師在職研習網、教育專題研究、創新提案等。近年為協助臺北市政府教育局推動發展重要教育政策，委託本中心辦理優質學校評選、教育111標竿學校評選、杏壇芬芳表揚、臺北校長學等業務。
- 總務組：總務組掌理文書、採購、營繕、出納、財產、事務管理等業務，支援教學、研究、輔導等研習及行政後勤工作，依「事務管理手冊」規定，執行文書收發、典藏與銷毀，駐衛警、事務員、廚師工作之指派、督導、考核，經管現金收支、零用金之保管，財產及物品之建管與報廢，依「政府採購法」辦理財物、勞務及工程採購等業務。
- 會計室：掌理本中心綜理機關的會計、歲計業務、預決算之編審、原始憑證之審核、預算執行之控制、會計事務、依政府採購法執行監辦事務及其他有關會計事項。
- 人事室 (人事管理員由他機關派員兼任）：掌理本中心組織編制、任免遷調、考核獎懲、退休撫卹等各項人事業務事項。
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